Die Dorfkirche von Prosigk entstand offenbar noch im Hochmittelalter, denn sie besitzt einen romanischen Ostturm, der erst im Jahr 1875 umgebaut und aufgestockt wurde. Die sonstige Baugeschichte der Kirche wird von verschiedenen Autoren unterschiedlich dargestellt. Am wahrscheinlichsten erscheint eine hochmittelalterliche Chorturmkirche mit dem Schiff im Westen und dem Turm im Osten, die im Spätmittelalter anstelle der Apsis einen Chor im Osten erhielt, der bei einem Umbau im Jahr 1814 abgerissen und in den Turm hinein verlegt wurde. Im Saalekreis befinden sich mehrere Kirchen mit ähnlicher Baugeschichte, bei denen Turm und Chor allerdings unverändert erhalten blieben - etwa St. Johannes in Eisdorf oder St. Maria in Köchstedt.
Der Dehio (Sachsen-Anhalt II, 1999) sieht hier hingegen eine romanische Kirche des 12. oder 13. Jahrhunderts, die einen "ursprünglichen Westturm" sowie ein spätgotisches Schiff im Westen als Erweiterungsbau erhielt. Etwas detaillierter stellen dies auch die Bau- und Kunstdenkmale von Ernst Haetge und Marie-Luise Harksen (Stadt und Landkreis Köthen, 1943) dar, die berichten, dass das alte Schiff an der Ostseite zu finden war und die Kirche im Spätmittelalter um ein zweites Schiff im Westen ergänzt wurde. Diese Behauptung stützt sich auf den Bericht des Pfarrers Renthe (1769-1828), dessen Grabmal bis heute erhalten geblieben ist. Nach diesem Bericht wurde das alte, östliche, "kleine Schiff" 1814 abgerissen und das spätgotische, westliche Schiff "zur neuen Kirche ausgebaut".
Franz Büttner Pfänner zu Thal (Anhalts Bau- und Kunst-Denkmäler nebst Wüstungen, 1894) beschreibt den abgerissenen Ostbau allerdings als Kreuzgewölbe, was eher auf einen Chor hindeuten würde. Er fand zudem heraus, dass die Kirche bereits im Jahr 1290 nachweisbar ist als Graf Albrecht I. von Anhalt sie dem Deutschen Orden schenkte. Heute ist der Chor im Turm untergebracht, so dass die rundbogigen Chorfenster an dessen Ostseite in einem zugemauerten Rundbogen zu finden sind.
Haetge und Harksen berichten zudem, dass der neugotische Westgiebel im Jahr 1824 ausgemauert wurde sowie dass die Sakristei an der Nordseite des Turms aus der Zeit der Restaurierung der Jahre von 1872 bis 1874 stammt. Der Turm soll laut diesen vor diesem Umbau eine Doppelsitze besessen haben, was bei Landkirchen eher selten ist und sich bis heute in Almsdorf oder Brachstedt vorfindet. Wie das auf dem eher schmalen Turm gelöst wurde, konnte nicht ermittelt werden.